The Guilty prati dvije povezane, ali vremenski razdvojene priče. Prva je smještena u 2008. godinu nakon nestanka malog Calluma Reida, a druga u današnje vrijeme kada se otkrije njegovo tijelo. Istragu preuzima det. Maggie Brand koja se, osim s mučnom istragom, mora nositi i sa dijagnozom autizma vlastitog sina.